E' importante che le materie prime destinate ad una filiera di produzione di energia rinnovabile siano ottenute nel rispetto delle buone pratiche agricole. Gli agricoltori che partecipano alla filiera si impegnano perciò a coltivare utilizzando sementi certificate, avvicendando le colture per evitare il depauperamento del terreno e privilegiando le operazioni meccaniche alla chimica. Alcuni di essi inoltre producono in conformità a quanto indicato nei regolamenti dell'agricoltura biologica.